沉船遗址水深约30米，代登主体区域残存有木质船体和成摞摆放的船货堆积，范围约300平方米。
考古发掘发现，月火沉船船体残长约米，月火最宽处保存约米，残存9道隔舱板和10个船舱，单层板结构，发现桅座、龙骨板、龙骨补强材以及舭龙骨等船体构件。
发掘出水文物标本约万件，箭将计划主要为龙泉青瓷和陶罐、铅锤、印章等船上生活、航海相关文物。
其中龙泉青瓷数量达到万余件，按原器形包括碗、盘、碟、盏、洗、缽、香炉和高足杯等，年代为元代晚期，为典型的外销贸易瓷。
结合温州朔门古港的考古发现，发射推测该沉船可能是从温州港出海前往东南亚的民间贸易商船。
漳州圣杯屿沉船遗址的考古发掘通过科技创新、美国设备改良实现了低能见度下水下考古精细化发掘，极大提升了我国水下考古发掘技术水平。